​يتيح نظام الإيداع المركزي في بورصة البحرين جملة من المزايا للمستثمرين، وذلك لاعتماده على أساس قيد البيانات إلكترونياً كنظام لبيان ملكية وحركة الأوراق المالية. ويتمتع أصحاب الحسابات في هذا النظام بسهولة تحويل وتسوية الأوراق المالية إلكترونياً. ويوفر نظام الإيداع المركزي للمستثمرين بالإضافة إلى ذلك إمكانية الحصول على معلومات آنيّة حول ملكيتهم من الأوراق المالية، الأمر الذي يمكنهم من اتخاذ قراراتهم الاستثمارية وفقاً لمعلومات دقيقة وفورية، كما يستفيد المستثمرون من الرسوم المخفّضة وانخفاض درجة المخاطرة المحتملة المرتبطة سابقاً بنظام الشهادات الورقية.

وللاستفادة من مزايا نظام الإيداع في البورصة، يجب على كل مستثمر يرغب في إجراء الصفقات، القيام بفتح حساب في النظام مع أي وسيط مرخّص في البورصة. وعند القيام بتنفيذ أي عملية بيع أو شراء سيتم تحويل الأوراق المالية إلكترونياً بين المستثمر البائع والمستثمر المشتري عبر وسطائهم من خلال نظام الإيداع المركزي الذي تم تصميمه للمساهمة في زيادة قدرة البورصة على إدارة عمليات سوق المال ومراقبة الصفقات المنفذة من خلاله.​

ويجذب الإيداع المركزي في بورصة البحرين شريحة واسعة من الوسطاء في الأسواق المحلية والدولية، وذلك من خلال توفيره مجموعة واسعة وشاملة من الخدمات عبر شبكة البورصة ووسطائها والحافظ الأمين.​​

المهام الرئيسية للتسويات و التقاص و الإيداع المركزي:​

• إصدار أرقام المستثمرين.​
• تشغيل وإدارة نظام المقاصة والتسوية الإيداع المركزي.​
• تحديث بيانات حسابات الأوراق المالية على ضوء التعاملات التي تتم في البورصة من إيداع وبيع وشراء وتحويل وسحب للاوراق المالية المودعة.​​
• فتح وحفظ حسابات الأوراق المالية في السجل المركزي للأوراق المالية وإظهار أرصدة حسابات مالكي الأوراق المالية والتحويلات التي تتم عليها وأية رهونات أو حقوق للاطراف الأخرى.​
• ​إيداع الأوراق المالية عن طريق الأعضاء المشتركين.​
• أية مهام أخرى تتعلق بتسوية وتقاص وإيداع وتسجيل وحفظ الأوراق المالية في البورصة.