تتم تسوية الصفقات المنفذة في بورصة البحرين خلال يومي عمل (T+2)، حيث يقوم قسم التسويات والتقاص والإيداع المركزي في البورصة بإتمام عملية تسوية وتقاص جميع الصفقات المنفذة على أسهم الشركات المدرجة عن طريق قيدها إلكترونياً، كما تقوم البورصة بإتمام عملية التسوية النقدية لجميع الصفقات المنفذة لصالح أعضائها المشتركين عن طريق بنك التسوية، حيث تتم تسوية الأموال على أسس متعددة الأطراف في حين تتم تسوية الأوراق المالية صفقة بصفقة.
ضمن بورصة البحرين وأعضاؤها المشتركون تسوية الأموال في يوم التسوية، حيث أنشأت بورصة البحرين صندوق الضمان الذي يتكون من مساهمات الأعضاء المشتركين في البورصة لضمان تسوية الصفقات في حال فشل أي من الأعضاء في الوفاء بالتزاماته المالية في يوم التسوية (T+2).
تتم تسوية جميع الالتزامات المترتبة على صافي المبالغ المدفوعة وصافي المبالغ المستلمة في حساب المقاصة ببورصة البحرين إلى حسابات المقاصة للأعضاء المشتركين في بنك التسوية، وفي يوم التسوية يتم تحويل جميع الصفقات تلقائياً حال تنفيذها إلى قسم التسويات والتقاص لإتمامها خلال يومي عمل (T+2) على أساس التسليم مقابل الدفع (الكترونياً).
وفي حال فشل أي من الأعضاء المشتركين في الوفاء بالتزاماته المالية في يوم التسوية تجاه الصفقات التي نفذها، يقوم بنك التسوية قبل التاسعة والنصف صباحاً في كل يوم عمل (قبل بداية فترة التداول في البورصة) بإعلام قسم التسويات والتقاص والإيداع المركزي بذلك، حيث يقوم القسم مباشرة بتقييد صندوق الضمان إلى مدين و حساب التقاص إلى دائن لسد هذا النقص. ووفقاً للقانون، يلتزم جميع أعضاء المقاصة بالمساهمة في صندوق الضمان، حيث يقوم الإيداع المركزي في البورصة ببدء عملية السداد للصندوق أو تجميد الأوراق المالية للأعضاء المتعثرين عن الدفع في حال كانت مساهمات صندوق الضمان غير كافية وهو ما يستوجب من جميع الأعضاء تقديم مساهمات إضافية، وفي حال فشل العضو في تلبية التزام احتياطي السيولة، يقوم قسم الإيداع المركزي في البورصة بمخاطبة قسم التداول لوقفه عن التداول.وفي حال فشل أي من الأعضاء المشتركين في الوفاء بالتزاماته المالية في يوم التسوية تجاه الصفقات التي نفذها، يقوم بنك التسوية قبل التاسعة والنصف صباحاً في كل يوم عمل (قبل بداية فترة التداول في البورصة) بإعلام قسم التسويات والتقاص والإيداع المركزي بذلك، حيث يقوم القسم مباشرة بتقييد صندوق الضمان إلى مدين و حساب التقاص إلى دائن لسد هذا النقص. ووفقاً للقانون، يلتزم جميع أعضاء المقاصة بالمساهمة في صندوق الضمان، حيث يقوم الإيداع المركزي في البورصة ببدء عملية السداد للصندوق أو تجميد الأوراق المالية للأعضاء المتعثرين عن الدفع في حال كانت مساهمات صندوق الضمان غير كافية وهو ما يستوجب من جميع الأعضاء تقديم مساهمات إضافية، وفي حال فشل العضو في تلبية التزام احتياطي السيولة، يقوم قسم الإيداع المركزي في البورصة بمخاطبة قسم التداول لوقفه عن التداول.
أما في حال تجاوز الأعضاء المشتركين سقف التداول الخاص بهم، فيجب عليهم دفع حصة من رصيد صافي الدفع كاحتياطي سيولة بعد يوم من تنفيذ الصفقة (T+1)، وهو ما يتم تعديله فيما بعد خلال فترة التسوية (T+2).